《谍战深海之惊蛰》在经历了剑道馆审查共党卧底的风波后，陈山（张若昀饰）终于知道了自己大哥钱时英（于小伟饰）表面是亲日药材商人，实则为共产党的身份。紧接着，对于盘尼西林药物的追踪也在紧锣密鼓地进行着，陈山在与荒木惟（王泷正饰）的斗智斗勇中不但顺利地保住了这批药，更巧使妙计与军统飓风队合作炸毁了日军的军需仓库。